Aquí se discuten características clave de microalgas necesarias para una producción eficiente de biodiesel, así como la posibilidad de su manipulación mediante mutagénesis o transformación de genes. Se describe la genética directa (forward genetics) e inversa (reverse genetics) en sistemas microalgales dentro de la genómica funcional con respecto a los beneficios obtenidos de las secuencias genómicas que contribuirán al análisis de función de genes y la mejora de cepas algales.. Asimismo, se examina cada método de transformación genética teniendo en cuenta sus pros y sus contras.
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