Para obtener información sobre procesos biológicos, por lo general, los datos de escala genómica son superpuestos en redes bioquímicas. Sin embargo, muchas redes no tienen una relación uno a uno con respecto a los genes debido a la existencia de isoenzimas y complejos de proteínas. En este sentido, es necesario tomar decisiones sobre cómo integrar los niveles de expresión génica mediante reglas de reacción gen-proteína; cuál enfoque debe utilizarse para la selección de umbrales en los datos de expresión para considerar el gen asociado como "activo" y cuál es el orden en que estos pasos se imponen. En este sentido, el presente trabajo presenta una comparación de 20 combinaciones de decisiones utilizando un conjunto de datos transcriptómicos en 32 tejidos. Para determinar las decisiones más apropiadas, se evaluó el impacto de estas decisiones en la adquisición de listas de reacciones activas específicas de tejido que recapitulan grupos de tejidos de órganos y sistemas.
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