El desarrollo de la comunidad bacterial ácido-láctica en una fermentación comercial de whisky de malta ocurre en tres fases amplias. Inicialmente, las bacterias fueron inhibidas por un crecimiento fuerte de levadura. Se detectaron en esta etapa, a través de microscopía fluorescente y microscopía electrónica de barrido ambiental, tanto cocos (cocci) como bacilos (rods) que se derivaron, al menos en parte, del mosto y la levadura, aunque también de la planta de destilación. La electroforesis de gel con gradiente de desnaturalización (denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE) de genes parciales 16S rRNA y el análisis de secuencia revelaron que los cocos estaban relacionados con Streptococcus thermophilus o Saccharococcus thermophilus, Lactobacillus brevis y Lactobacillus fermentum.
La fase media comenzó 35 o 40 h luego de la inoculación de levadura, y estuvo caracterizada por el crecimiento exponencial de lactobacilos y del metabolismo de la levadura residual. Se detectaron Lactobacillus casei o Lactobacillus paracasei, L. fermentum y Lactobacillus ferintoshensis en muestras de caldo de fermentación examinado por DGGE en esta etapa. El crecimiento bacterial estuvo acompañado por la acumulación de ácidos acético y láctico y por el metabolismo de los maltooligosacáridos residuales. A las 70 h, se detectaron dos nuevas bandas de PCR en los geles DGGE, y las bacterias asociadas fueron altamente responsables en la fase final de la fermentación.
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